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La chasse et la réduction des surfaces forestières sont les principales causes de la régression de l'espèce. Mais il fut aussi piégé et empoisonné pour sa fourrure, sa réputation de voleur de gibier et d'être un ennemi de l'Homme. Cela continua même après la tardive interdiction de le chasser qui fut établie à partir de 1975. Il disparaît des forêts et des plaines après le moyen âge et est éliminé du bassin parisien au XVI siècle. Son extermination totale survient en France au XIX siècle, des Vosges en 1650, du Massif centrale en 1875 et du Jura 1885.
Après une chasse impitoyable, quelques scientifiques se sont intéressés à cet animal et à d'autres prédateurs et ils ont prouvé qu'ils sont une maille importante du cycle de la vie. Ainsi, il devient nécessaire pour un petit groupe de voir réapparaître le lynx dans nos massifs.
La première mesure de protection fut l'inscription du lynx sur la liste des animaux menacés en 1971, alors qu'il n'était inscrit que sur l'annexe 2 de la convention sur le commerce international des espèces menacées (CITES) ce qui voulait dire que le commerce de peaux était autorisé mais contrôlé. De nos jours, il n'est plus question de vendre des peaux de lynx, qui est considéré comme animal en voie de disparition. Il faut dire que le commerce de peaux de grands prédateurs est de plus en plus interdit.
Un programme de réintroduction commence à voir le jour dans les année 70. Les lynx sont capturés dans un pays où ils sont nombreux ou viennent d'un zoo. Avant d'être relâchés dans leur nouveau domaine, ils sont vaccinés, tatoués et munis d'un collier émetteur sous anesthésie puis ils subissent un traitement fortifiant de vitamines et d'huile de foie de morue.
Un suivie journalier permet de localiser les lynx et a ainsi permis une meilleur compréhension de cet animal et de ces mœurs. Lors du lancement de ce programme il y eu un problème avec des animaux élevés en captivité et qui avaient perdu la peur de l'Homme.
En effet, ils allaient trop près des habitations et allaient même jusqu'à visiter les poulailler ou les enclos d'animaux domestiques. Il s'est avéré qu'ils ne savaient plus se débrouiller d'eux-même, il fallut donc les capturer et penser à ne prendre que des animaux restés sauvages.
Voici quelques étapes dans la réintroduction du lynx en France dans quelques-uns de nos massifs, qu'elles soient satisfaisantes ou pas.
Le projet en lui-même est né en 1972. Depuis cette date, 19 lynx (8 femelles et 11 mâles) ont été réintroduits dans les Vosges. Malheureusement 5 sont morts dont trois chassés illégalement ( Elisa, Alex et boric). Malgré ces drames un espoir subsiste. En effet depuis 1983, 6 indices de reproduction ont été recensés.
Rappelons ce qu'il s'est passé.
Le vendredi 30 octobre 1987 une scientifique découvre le collier émetteur sectionné et enterré d'Elisa une femelle de trois ans venue du zoo d'Ostrava et relâchée dans les Vosges le 27 mars 1987. Ce qui fut un choc car elle était mère de trois petits lynx : une première dans le programme de réintroduction. Cela voulait dire non seulement la mort d'Elisa mais aussi, de ce fait, celle de ses trois petits. Il faut aussi rappeler que le père, Sixty avait mystérieusement disparu, sûrement chassé pour être empaillé. À cette époque seul 6 des 12 lynx d'Ostrava avaient survécu.
Du couple relâché le 3 mai 1983, Boric avait été abattu par un braconnier en 1994 et la femelle, Xénie est peut être encore en vie, aujourd'hui. En mars 1986, on trouvait les restes d'Alex, un autre mâle lâché un mois après Boric.
Aux environs de juillet 1993, on pense qu'il reste 7 ou 8 individus sur les 13 en théorie. En effet une panne du collier émetteur existe mais les chercheurs ont un autre moyen de pister les lynx : une chienne. Avec elle, ils peuvent donc retrouver la trace de leurs protégés et ainsi déterminer s'ils sont en vie ou non.
Dans le Jura, la réintroduction a été plus facile. En effet depuis 1971 à 1976, 20 lynx ont été libérés en Suisse, côté Jura. La première observation du côté français se fait en 1974 et en 1975 dans les Alpes puis suit une première phase de colonisation du Jura et de l'Ain jusqu'en 1980. On constate des attaques de troupeau à partir de 1984, mais pas de chasse ou de braconnage. Comme quoi, la cohabitation peut exister même si elle n'est pas parfaite. En 1993, on compte aux environs de 150 observations dans le massif jurassien.
Dans les Pyrénées, il n'a jamais totalement disparu. Il s'est maintenu de 1850 à 1950 et après 1960 on observe un nouveau développement.
Il existe une particularité dans cette région qui tient au fait de la présence de deux espèces de lynx : le lynx d'Eurasie et le lynx d'Espagne dont les relations ne sont pas encore élucidés. Il semblerait que le lynx d'Espagne descendrait du lynx d'Eurasie et qu'il en diffère essentiellement par la taille, ce qui est logique car les espèces vivant plus au sud ont tendance à être plus petites que celles du nord.
Il ne faut pas oublier non plus les lynx en captivité : on compte 156 lynx roux et 110 Eurasien en 1993.